近年來(lái)，多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（PRSs）越來(lái)越多地被用來(lái)獲取許多人類特征和疾病所隱含的全基因組信息，希望能更好地告知某個(gè)人患特定疾病的遺傳風(fēng)險(xiǎn)。近期，多名研究人員在《Nature》雜志上發(fā)表了一篇題為“Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies”的綜述，該綜述提出一個(gè)含有22項(xiàng)的框架，該框架確定了科學(xué)家在其研究中應(yīng)該包含的與多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分相關(guān)的最低限度信息。該框架由國(guó)家人類基因組研究所（NHGRI）的臨床基因組資源（ClinGen）復(fù)雜疾病工作組和多基因評(píng)分（PGS）目錄數(shù)據(jù)庫(kù)成員創(chuàng)建，將有助于提高多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的有效性、透明度和可重復(fù)性。
多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（PRSs）通常會(huì)匯總?cè)蚪M關(guān)聯(lián)研究的結(jié)果，可以彌補(bǔ)最初工作發(fā)現(xiàn)與臨床應(yīng)用之間的差距，從而利用遺傳學(xué)估算疾病風(fēng)險(xiǎn)。然而，這些風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的應(yīng)用和報(bào)告存在顯著的異質(zhì)性，這阻礙了PRSs轉(zhuǎn)化為臨床護(hù)理。在此，通過(guò)臨床基因組資源（ClinGen）復(fù)雜疾病工作組和多基因評(píng)分（PGS）目錄之間的協(xié)作，研究人員提出了多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)（PRS-RS），并更新了遺傳風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)研究（GRIPS）聲明，以反映該領(lǐng)域的現(xiàn)狀。
PRS-RS是一套標(biāo)準(zhǔn)項(xiàng)目，規(guī)定了需要描述的最低標(biāo)準(zhǔn)，以便準(zhǔn)確解釋PRS，并在整個(gè)PRS開(kāi)發(fā)過(guò)程中再現(xiàn)結(jié)果，圖1可簡(jiǎn)要說(shuō)明。它適用于PRS開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證研究，旨在預(yù)測(cè)疾病發(fā)生和預(yù)后，以及對(duì)治療的反應(yīng)。大多數(shù)PRS研究遵循PRS開(kāi)發(fā)評(píng)估的原型流程（圖1），該流程可作為標(biāo)準(zhǔn)化報(bào)告和實(shí)際應(yīng)用的模板。
圖1. PRSs開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證過(guò)程的原型
注：圖中顯示了PRSs構(gòu)建、風(fēng)險(xiǎn)模型開(kāi)發(fā)和性能驗(yàn)證的典型步驟，并在整個(gè)過(guò)程中以粗體文字標(biāo)記PRS-RS指南的某些方面。在PRSs開(kāi)發(fā)中，與興趣結(jié)果相關(guān)的變異（通常從GWAS中識(shí)別）被合并為跨變異等位基因計(jì)數(shù)的加權(quán)總和。未顯示用于優(yōu)化PRSs（PRSs構(gòu)造和估計(jì)）的變量選擇方法。PRSs在預(yù)測(cè)興趣結(jié)果的風(fēng)險(xiǎn)模型中進(jìn)行測(cè)試，并可與其他非遺傳變量（例如年齡、性別、祖先、臨床變量）結(jié)合；這些統(tǒng)稱為風(fēng)險(xiǎn)模型變量。通過(guò)擬合程序選擇最佳風(fēng)險(xiǎn)模型，在獨(dú)立樣本中驗(yàn)證了該模型的有效性。應(yīng)描述PRSs分布，并從識(shí)別、預(yù)測(cè)能力和校準(zhǔn)方面證明風(fēng)險(xiǎn)模型的性能。
借鑒流行病學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、特定疾病的應(yīng)用、實(shí)施和政策方面的專家意見(jiàn)，該綜合報(bào)告框架定義了解釋和評(píng)估PRSs所需的最少信息，尤其是有關(guān)下游臨床應(yīng)用的信息。這些項(xiàng)目涵蓋了研究人群的詳細(xì)說(shuō)明，開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證PRSs的統(tǒng)計(jì)方法以及對(duì)這些評(píng)分的潛在局限性的考慮。
此外，研究人員強(qiáng)調(diào)數(shù)據(jù)可用性和透明性的必要性，并鼓勵(lì)研究人員通過(guò)PGS目錄存儲(chǔ)和共享PRSs，以促進(jìn)可重復(fù)性和比較基準(zhǔn)。通過(guò)以現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn)和本體為基礎(chǔ)的結(jié)構(gòu)化格式提供這些標(biāo)準(zhǔn)，在發(fā)布PRSs時(shí)使用此框架將有助于轉(zhuǎn)化為臨床護(hù)理，并向著定義最佳實(shí)踐的方向發(fā)展。
參考文獻(xiàn)
Wand H, Lambert SA, Tamburro C, et al. Improving reporting standards for polygenic scores in risk prediction studies. Nature. 2021 Mar; 591(7849): 211-219.
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《Nature子刊最新研究——常見(jiàn)的遺傳變異和可改變的危險(xiǎn)因素是肥厚型心肌病易感性和表達(dá)性的基礎(chǔ)》
